一開始選擇時按下面神奇寶貝球按鈕，並且選擇性別、名字便開始遊戲。看完電視後競敵便上來和你說
話，之後又跑了下去。出門後往左上角的房子進入時被競敵撞個正著，後來競敵忘了東西而跑上來，上
去找他後又跑到城市外的草叢附近，這時被 山梨 博士叫住，選你想要的第一隻神奇寶貝，接下來就和競
敵戰鬥，打完後回到家媽媽給你慢跑鞋(按著B可以快跑)。出城市後看見競敵，他和你一起前往左上角的湖，這時發現一個奇怪的人，走掉後競敵也先跑了。
往下一個城市走，這時另一位主角帶你參觀城市時被研究所衝出來的競敵撞到，進入研究所 後 博士給你神奇寶貝圖鑑，出來後另一位主角和你介紹城市的設施。
接下來往202號道路前進碰到另一位主角，他會叫你先回自己的城鎮找媽媽，回到家後和媽媽拿到冒險日記，可紀錄最近的事件，接下來再度前往202號 道路前進，又碰到那位主角，並且他示範抓神奇寶貝給你看，之後往上走就來到「祝慶市」，這時和另一位主角碰到了一位自稱是國際警察的人，並且給主角「バト ルレコーダー」。可以記錄自己和朋友之間的對戰實況。之後到左邊的訓練家學園裡和競敵打招呼，並且將委託的東西交給他。原來是競敵的媽媽給他的冒險地圖， 因為有2份，所以競敵也乾脆送主角一份，之後就走了。
出來之後看見一位大叔，原來他要給主角神奇手錶，但是要先在這個城市內找到三位黃色的小丑，並且回答問題後拿著三張兌換票和大叔說話，就可以獲得神奇手錶了！
往218號道路的通道交接處裡和釣魚的大叔說話可以得到破爛釣竿，往上204號道路走也會被山洞的碎岩擋住去路，只好往右邊的203號道路前進，這時又碰上競敵要求和你對戰一場。順利打倒他之後往右方的道路繼續前進。進入山洞後有一個大叔會送你秘傳招式機06「岩石粉碎」，但目前是沒有辦法使用的，必須要得到道館徽章才可以使用。通過山洞後就進入「鋼鐵市」，這時有人帶你到道館門口時，發現競敵也在那邊，得知道館訓練家不在，往下方的礦坑找就會發現道館訓練家瓢太了。接下來回道館去挑戰，打贏後可以得到徽章和招式機76。
接下來往回走到祝慶市後，往204號道路走時碰到 山梨 博士和另一位主角，同時也發現銀河團的人在包圍他們，成功打跑銀河團 後山梨 博士也就回去了。這時有人會跑來送你「アクセサリーいれ」(華麗大賽使用的飾品盒)。接下來往北走穿過山洞後就會來到「苑之鎮」。在苑之鎮的花店和左邊女生說話可以得到澆水器，可用來種樹果時使用的。往右邊205號道路走時發現一個小女孩，她請主角到右方的發電廠找她爸爸，到發電廠門口發現銀河團的人擋住了，打倒他後也進不去發電廠。這時回到苑之鎮後前往左上方的花園內，發現銀河團的人要搶一個大叔的甜蜜，打倒他們後可得到發電廠的鑰匙和甜蜜(可以抺在特殊的樹上，一段時間可以吸引特定的野生神奇寶貝)。接下來進入發電廠後打倒裡面的銀河團手下和幹部，成功救出小女孩的爸爸，這時原本擋在路口的銀河團成員就會走掉了。
這時就可以繼續從205號 道路往北走了，進入百代森林之後碰到一位女生「モミ」，帶她一起出走森林後她會送你「安撫之鈴」。出了森林之後就來到百代市了，在神奇寶貝中心的右邊民房 裡可以得到「探險組合」，可以利用其工具到地底下挖礦。在百代市右上方會碰到競敵，競敵走了之後往回走會碰到冠軍竹籣小姐，她會送主角秘傳招式機01「一字斬」。接下來前往下方的百代道館去挑戰道館訓練家「菜種」，只要打倒裡面的訓練家就可以和她進行道館賽了。打贏後除了拿到徽章以外，也獲得招式機86。接下來前往百代市北方銀河團的基地內，將銀河團的手下和幹部打倒後，前往腳踏車店途中又碰到冠軍竹籣小姐，並且給主角神奇寶貝的蛋(身上滿6隻則無法拿取)。
到腳踏車店老闆就會送你一台腳踏車，可以利用腳踏車越過特殊地形。接下來順著百代市下方206號腳踏車道往下走，再轉進207號道路，進山洞前另一名主角出現，並且送你對戰搜尋器和擴充神奇手錶的功能。在自行車道下方的206號道路上方山洞深處會發現一個小女孩叫小麥，她希望主角帶著她走出這個山洞，帶她走出山洞後她會和主角道謝就開心地離開了，接著回207號道路右邊山洞進入。
過 了山洞後就進入了「ヨスガシティ」，這時有一隻捲捲耳衝了出來，原來是一個女生的神奇寶貝，幫她抓住後她會請主角到神奇寶貝華麗大賽的會場找她。到了會場 發現媽媽也在那邊，同時也發現道館訓練家也在那，和她談話後她就回道館了。這時前往商店右邊的神奇寶貝愛好俱樂部裡找會長，他會送你製作麵寶的收藏盒。接 下來就可以進入道館挑戰了，只要在該房間找到藍色底的圖案，再對應紅色底圖案的門就可以進入下一個房間。順利打贏道館訓練家後就可以得到徽章和招式機65。
接下來往右進入209號道路，途中又碰上競敵並且和你對戰，打贏他後繼續往前走，在209號道路上可向釣魚的大叔得到好釣竿，接著就進入「ズイタウン」，這時會碰到競敵，說完話後前往右方的遺跡內，在最深處可得到秘傳招式機05「清除濃霧」。繼續往「ズイタウン」北方的210號道路走，發現北方道路被可達鴨們擋住，只好往右方的215號道路前進，接下去走會來到「トバリシティ」。在「トバリシティ」左下方民房內有一個黃色的小丑，可以和他拿到「代幣盒」，就可以拿著去玩遊樂場的遊戲了。接下來就可以去挑戰道館了，要利用撞擊(用身體碰觸)紅色沙包，就會依軌道前進撞倒輪胎障礙物，就可以到達道館訓練家所在的位置。打倒她之後就可以獲得道館徽章和招式機60。
出來後發現另一位主角和你求救，說東西被銀河團的人搶走了。到城市上方發現另一名主角，和他一起打倒銀河團後，這時那位警察又來問主角詳情，並且帶主角進入一棟建築物調查，右邊可拿到秘傳招式機02「飛天」，發現需要鑰匙才能把門打開。先往下方214號道路前進，發現右側222號道路無法通過，再往下方213號道路前進，就會來到「ノモセシティ」，在該城市的道館前會碰到競敵，並且會和你對戰一場，打倒他後就可以進入挑戰道館訓練家了。打贏後可獲得道館徽章和招式機55。
出 來後碰到競敵，這時道館訓練家也出來並且和你的競敵往上方跑走，在狩獵區門口發現了他們，這時狩獵區傳出爆炸，原來是銀河團的人搞的鬼，這時道館訓練家進 入查看情況，這時你的競敵要你去追擊那位銀河團的人。一路往右追擊也碰到了那位警察，得知他們利用新能源製造炸彈，繼續追到底後進入戰鬥，打敗他後就跑掉 了。這時碰到冠軍竹籣小姐和競敵，竹籣小姐會送主角治療可達鴨群們的藥，這樣就可以讓210號道路上擋住北方道路的可達鴨們離開了。
前往210號道路並且順利治好可達鴨們後，竹籣小姐出現和你道謝，並且委託你前往下一個城市「カンナギタウン」將東西交給她的奶奶。在210號 道路會起霧，只要使用「清除濃霧」就可以把大霧給去除。到了「カンナギタウン」後發現中間遺跡有銀河團的人，打倒他 後竹籣 小姐的奶奶出現並且將委託物給她，她會請你進去看一下石壁上的畫。進入後最裡面的石板有三隻傳說神奇寶貝「由克希」、「艾姆利多」、「亞克諾姆」的故事， 調查完之後和老奶奶正要出去時，突然有人進去，原來是銀河團的老大，他企圖想要創立一個全新的世界，在這之前必須要先破壞主角居住的和平世界，於是和首領 展開了戰鬥，打倒他之後放下話就走了，似乎事情還沒有這樣簡單就結束了。之後老婆婆送主角秘傳招式機03「衝浪」，這樣就可以渡海與渡河了。
出來後發現竹籣小姐，並且和主角說前往「ミオシティ」的圖書館可以調查到一些東西，從「祝慶市」左邊渡海就可以來到「ミオシティ」。在橋上突然碰到競敵並且和你對戰一場，打贏後他就走掉了。下方有一個碼頭，坐船可以到「こうてつじま」。在山洞入口處會有人給你秘傳招式機04勁力。進入山洞的深處那個人會在裡面等你，並且和他組隊前進，到了最深處發現銀河團的人，合力擊倒他們後他會送你神奇寶貝的蛋(會生出利歐路)(身上需有空位)。
接下來回「ミオシティ」後前往挑戰道館，原來這位道館訓練家是鋼鐵道館訓練家瓢太的爸爸，打倒他後獲得徽章和招式機91。
接 著出來後競敵要你到圖書館，到了三樓後見到 山梨 博士和另一名主角，並且調查三隻在湖中的傳說神奇寶貝，這時突然傳出爆炸聲，查看電視後發現「リッシこのほとり」那邊出事了，位置在「トバリシティ」和 「ノモセシティ」的中間， 山梨 博士要主角趕緊前往查看。到了「リッシこのほとり」後發現原來是銀河團的人在搞鬼，進入湖中的山洞後發現銀河團的幹部，順利打敗他後就跑掉了。接下來趕往 主角居住的城鎮左邊的「シンジこのほとり」，發現 山梨 博士和另一名主角被銀河團的人包圍，成功打倒銀河團的人 後山梨 博士便要你前往另一個湖「エイチこのほとり」。
回到「カンナギタウン」後往左邊211號道路進入山洞，進入山洞後往上方前進，就可以來到冰天雪地的216號道路，繼續往上走進入217號道路，途中碰到了「トバリシティ」的道館訓練家，接下來繼續前進，在217號道路右上方可找到秘傳招式機08攀登岩壁。往上走後發現競敵，但是因為尚未拿到下一個道館徽章，無法使用技能爬上去，所以先往右方走進入「キッサキシティ」去挑戰道館，必須要照順序將冰球撞破才可以到達道館訓練家的所在位置，打贏她後可獲得道館徽章和招式機72。
接 下來利用秘傳招式攀登岩壁就可以來到「エイチこのほとり」，發現競敵和銀河團的幹部，銀河團的幹部說完話就走掉了，這時回到「トバリシティ」的銀河團總 部，發現門口站著一位銀河團的成員，和他說完話他就逃掉了，這時那位警察也趕來詢問主角詳情，進入總部後發現門都被上鎖，這時到左邊另一棟銀河團的秘密基 地裡，這時那位國際警察會幫你開門，就可以潛入銀河團的秘密基地了。
銀 河團的秘密基地和總部是相通的，過程中可以撿到鑰匙，這樣一來就可以開啟電子門了。從總部的大門進入後開啟電子門進入，沿路上擊敗許多銀河團的手下，這時 來到一個集合場，發現那位警察也在那邊，看著銀河團的老大宣示要組一個新的世界，之後就走掉了，那邊警察也往左邊走掉了。走到最深處發現銀河團的老大，打 敗他之後就走掉了，這時繼續往裡面走發現那3隻傳說神奇寶貝被控制住，打倒銀河團的幹部後就可以放走牠們了，這時那位幹部也會走掉。
接下來前往鋼鐵市，從鋼鐵市上方的旁邊山洞進入，往右上方走可爬到「テンガンざん」頂端，這時發現最頂端處銀河團的人在那，和競敵聯手打敗幹部後，銀河團的首領將帝牙盧卡和帕路奇犽召喚出來，同時也讓騎拉帝納出現，這時3隻湖的傳說神奇寶貝也前來阻止，眼看他的野心即將實現，突然騎拉帝納把首領帶進「反轉世界」了！這時冠軍竹籣也前來並和主角一同進入「反轉世界」。在「反轉世界」中有許多條路，途中竹籣小姐和那3隻傳說的神奇寶貝也會帶領你，過程中看見石頭將其推落(使用勁力)，並且在那三隻神奇寶貝前的洞中間推落石頭使他卡住洞的中間，這樣3個地方弄好了之後就有路前進了！到最深處發現銀河團的首領，將他的野心擊倒吧，打倒他之後他就走掉了，這時再往前發現騎拉帝納，將牠收服起來吧！收服完後銀河團的首領知道自己的野心無法達成而走掉，接下來和冠軍一起回到現實世界。
回到「マサゴタウン」找 山梨 博士並且告訴事情的經過，之 後 博士要主角前往「ナギサシティ」挑戰最後一個道館，順著222號 道路往右方走即可到達。進入「ナギサシティ」後碰到一位紅頭髮的男子，原來他是四天王之一，和他說完話後前往右方的燈塔，上去之後發現道館訓練家在那，和 他說完話後就回去了。這時前往道館發現門口站著剛才那位紅頭髮大叔，和他說話後他希望主角能夠拿到最後一個徽章，並且說在神奇寶貝聯盟等著主角。接下來就 可以進入挑戰道館了，打贏之後可以得到徽章和招式機57。
接下來往北方的海邊走會碰到競敵，說完話之後就走掉了，這時在旁邊的蜜柑會送你秘傳招式機07「攀登瀑布」，這樣就可以前往神奇寶貝聯盟挑戰了！從「ナギサシティ」北方渡海，經由223號水道來到冠軍之路，進入山洞通過冠軍之路後就來到神奇寶貝聯盟了。正要進入前會碰到競敵並且和你對戰，打倒他之後就可以和入口處的人說話，確認八個徽章全蒐齊之後就可以進入挑戰了。
四天王使用的神奇寶貝如下：
第一個是「リョウ」，他所使用的神奇寶貝是：
第二個是「キクノ」，她所使用的神奇寶貝是：
第三個是「オーバ」，他所使用的神奇寶貝是：
第四個是「ゴヨウ」，他所使用的神奇寶貝是：
最後是冠軍竹籣小姐，她所使用的神奇寶貝是：
最後成功打贏之 後山梨 博士也前來恭喜主角，接下來前往殿堂登錄之後主角就順利成為聯盟冠軍了！
回 到家之後主角的媽媽和主角說競敵在「ファイトエリア」等主角，要主角前往「キッサキシティ」下方坐船前往。到了坐船的地方和水手說話，這 時竹籣 小姐前來和主角對話，並且希望主角能夠到更多地方去發現許多不同的神奇寶貝。到了「ファイトエリア」之後發現競敵在那邊，並且帶主角前往戰鬥開拓區入口 處，和他搭檔與四天王的「オーバ」、第八道館的道館訓練家進行一場雙打比賽。
打完之後他們就離開了，這時競敵的老爸也出現了，並且和主角介紹戰鬥開拓區，原來競敵的爸爸是戰鬥開拓區的戰鬥塔首腦，競敵和主角說自己會變得和他爸爸一樣強，說完就離開了。
接下來左上方和右邊的路都不通，於是先回到 山梨 博士的研究所，並且要先將神奧地方的神奇寶貝圖鑑補齊(看過也可以)，這 時大木 博士也來和主角說話，之 後山梨 博士會將你的圖鑑升級成全國圖鑑版，之後回「ファイトエリア」後往左上方225號道路走，沿著225號道路可來到「サバイバルエリア」，在「サバイバルエリア」下方房子裡和裡面的人說話可得到招式機42。接下來往右邊226號水道前進，往上方可以到227號道路，往右可到228號道路，從228號道路走後轉下方就可以來到「リゾートエリア」。
在 「リゾートエリア」右下方有一個人擋住，和他談話得知要把別墅送給主角，進入後連競敵也出現並感到很驚奇，以後可以前來購買家俱添加自己別墅內的裝飾。這 時原本冠軍之路右方擋住的洞口已經可以走了，進入發現有一個叫「マイ」的女孩，和她搭檔帶她走出山洞，往右方走即可到達出口，和主角道謝後便離開。
從「マサゴタウン」往下方219號道路、220號水道、221號 水道走可來到「パルパーク」，進去後發現大木博士並且將你的神奇手錶擴充功能，以後就可以利用這個地方的設施，將紅、藍寶石、火紅葉綠、綠寶石版的神奇寶 貝傳送過來囉。在「ミオシティ」坐船處旁的民房內，有一個小孩子突然做起惡夢，必須要前往「まんげつじま」去找尋「みかづきのはね」，坐船到了「まんげつ じま」後進入森林深處發現「克雷色利亞」，和牠說話後就消失並且留下「みかづきのはね」。拿回去給那位小孩後就醒了，並且和主角道謝，以後在任何草叢就有 機會碰見「克雷色利亞」並且捕抓。
前往227號 道路可以到達「ハードマウンテン」，路上會碰到競敵與第四道館的館主，並且提醒主角一路上的神奇寶貝都很強。到了「ハードマウンテン」洞口發現有銀河團的 人進入，一進去就發現銀河團的幹部並且和主角進行戰鬥，打倒二位幹部後她們說要去找失蹤的首領就離開了。另一位博士和二位銀河團的手下則往裡面走了，進入 至第二層山洞內後有一個叫「バク」的少年和主角會和並且一起組隊前進，進到最深處發現那位銀河團的博士，並且得知他想要得到傳說神奇寶貝「席多藍恩」並且 成為銀河團新的首領。這時突然跑出一隻不良娃，原來是那位國際警察前來幫忙了，並且將 那位 博士給逮捕起來，最後那位警察和你道謝之後整個事件也就圓滿結束了。
在「サバイバルエリア」的神奇寶貝中心左邊房子可以碰見「バク」和競敵，原來這裡是許多訓練家交流的地方，在這裡可以再和道館訓練家與以前碰見的人來一場神奇寶貝對戰。(每天在裡面的人都不同)
資料來源:http://tw.myblog.yahoo.com/s0900299/article?mid=959&prev=987&next=959
